根据组织结构，证券交易所主要可以分为会员制证券交易所和公司制证券交易所。自20世纪90年代以来，世界范围内的证券交易所纷纷从会员所有的互助交易所变成股东所有的营利性公司。交易所的公司制改制有利于改善交易所的公司治理，减少会员对交易所的控制，但交易所变成营利性的公司，将面临利益冲突的挑战。

证券交易所作为证券市场，发挥重要的经济功能，且交易所普遍承担监管职责，负有维护公共利益的法定义务，因此，交易所具有公共机构的性质。交易所变成营利性公司后以营利为目的，因此，公司制交易所面临自身商业利益和社会公共利益的冲突。而在会员制交易所中，由于交易所完全由会员所有和控制，交易所的主要利益冲突表现为会员利益和公众利益的冲突。公司制证券交易所的利益冲突主要表现在：交易所为了营利的目标，可能减少监管资源的投入，放松对监管对象的监管，滥用监管权力对监管对象实施歧视待遇，从事多元化经营损害交易所的财务安全，从事反竞争的行为等。交易所自我上市也将使交易所面临自己监管自己的利益冲突。根据理论推导并考察各国的经验，克服公司制交易所利益冲突的途径主要包括交易所自律监管的调整、交易所公司治理的完善，以及政府对交易所监督的强化。

从我国法律的规定以及实践看，我国的证券交易所既不是会员制也不是公司制；现阶段，证券交易所中并不存在会员利益和社会公共利益的冲突问题，但存在交易所商业利益和公共利益的冲突。我国交易所改革的方向不应是回归会员制，而应是在承认国家对交易所享有一定产权的基础上，对交易所进行股份制改造。在进行股份制改造的同时，必须有相应克服利益冲突的制度安排。