《当代港澳研究》的前身是中山大学港澳珠江三角洲研究中心创刊于1993年的专题学术研究刊物《当代港澳》。为推动港澳问题研究领域的发展，自2009年11月起，港澳珠江三角洲研究中心将原内部发行刊物改版为公开出版刊物，更名为《当代港澳研究》。《当代港澳研究》将继续遵照教育部的指示、秉承公开、严谨、创新的学术精神，建设成成港澳专题学术讨论的平台和最新信息交流的园地。自第一辑公开发行以来，《当代港澳研究》受到境内外学术界和政府、媒体的关注。《当代港澳研究》实行匿名审稿制度。2012年起，《当代港澳研究》改版为季刊。