在现代化的背景下，无论是经济发展还是公共服务，都要求政府部门间关系的协调程度达到较高水平。在行政体制改革的推动下，从“碎片化”向“跨部门协作”的转化已经成为政府部门间运行机制变迁的基本方向，但这个变迁过程并非自然推进的。政府部门间的运行机制主要取决于两个层次的逻辑导向：一是政府职能定位的核心型导向；二是政治生态平衡的支持型导向。只有这两个层次的逻辑导向协调起作用，政府部门间关系才能突破“碎片化”，实现“跨部门协作”。通过总结中国政府部门间协调机制建构中的特点与教训，可以发现，“两层次逻辑导向”的失衡，以及由此造成的“体制建构—机制调整”失衡是推进“跨部门协作”的主要障碍。结合上述分析与实践，本书提出从宏观思路、中观战略与微观措施三个层面推进“跨部门协作”的对策体系。