城市生态基础设施是一项长期战略，和其他基础设施（如公路、铁路、管道等） 一样，也需要建设、管理和维护。它涵盖山、水、林、田、湖等自然要素和交通、市政设施等人工要素。所以，城市生态基础设施的管理必须首先破解现行条块分割的管理体制和模式，避免职能交叉、管制空白等问题，从分割走向整合、从分隔走向联动、从单一的部门管制转向综合性的整体调控。在城市生态基础设施生态管理中有必要引入专门的管理机构，对城市生态基础设施的设计、建设、运行、维护等各个环节进行监督和管理，以保障整个系统结构和功能的完整性。