时至今日，巴布亚仍然是印尼国内局势最为动荡的地区之一。巴布亚地区的军事镇压与武装反抗，仅仅是其安全困境的一个侧面。在政治合法性上，巴布亚人并不认同1969年与印尼合并的“全民公决”。而此后印尼政府在巴布亚地区的权力滥用，更是造成了叛乱与镇压的冲突螺旋。本文试图回顾巴布亚地区的历史与现状，分析它为什么会成为印尼国内的边缘性威胁，进一步地揭示出巴布亚地区的将来走向。简而言之，促成族群和解、进行安全部队改革、避免精英共谋以及制订发展计划，才是决定印尼政府改善巴布亚地区安全问题的现状，以及保证该地区局势稳定的关键所在。