与近代中国的许多知识观念及研究方法深受日本影响如出一辙，“比较神话学”出现在中国乃直接受到日本的影响。在众多的新兴领域中，比较神话学在晚清的出现，尤为鲜明地体现出传统士人在近代日本（及西方）文明的参照下，对待中国传统文化时的矛盾、甚至悖论心态。所谓“悖论式”嫁接，意指混淆不同文化语境，把对方解构自己的方式，用来作为自我证明的途径。在近代中日学界的比较神话学研究中，日本学者借对中国神话的研究来消解上古神圣性，增强日本国族凝聚力。“神话”于日本的意义，及其所带出来的问题与张力并不一定适用于中国。然而，留日学者将“神话”横向嫁接进中国文化，不仅催生出中国的“比较神话学”研究，更重要的是，借此对传统文化进行了“有色眼镜”观察和解读，把中国神话研究的重心放在批判经史传统，消解上古信仰方面。与此同时，却又希望用神话研究来强化中国的民族主义和现代思想建构。由于对比较神话学的关注较少，故而，历来对中日近现代文化研究，或者对中国神话学的研究，都少有提及上述方面。

需要说明的是，虽然神话学几乎无法离开比较研究，但是在严格意义上，我们仍可以从神话学的内部谱系中捋出“比较神话学”这个分支。这从麦克斯·缪勒（Max Müller）《比较神话学》，杜梅齐尔（Georges Dumézil）的“新比较神话学”，设于美国哈佛大学南亚系的“国际比较神话学学会”、世界性的比较神话学年会等方面都有体现。本文的“比较神话学”即指有针对性的、跨国别的神话比较研究，而非任何具有比较意味的神话学研究。