甘肃省祁连山国家级自然保护区生态环境问题突出，其中包括部分水电设备违法建设、违规运行。经过调查核实，在甘肃省祁连山国家级自然保护区有水电站42座，33座已建成以及9座在建水电站，涉及天祝、肃南、凉州等6个县区。