从环境犯罪被害人立案侦查阶段和审理执行阶段权利实现看，现行刑法及刑事诉讼法没有专门涉及对于环境犯罪被害人自诉权的规定，环境犯罪中赋予被害人的自诉权存在着诸多困境，难以实现制度预期。在环境犯罪公诉转自诉案件中，存在难以有效制裁犯罪、被害人难以提供证据、公诉转自诉制度本身的逻辑混乱等问题。在环境犯罪被害人自诉权行使方面，也面临环境犯罪被害人举证困难和环境犯罪侵犯法益的多重性等困境。本文将基于我国环境犯罪被害人诉内法律保护存在的问题，提出解决方案。