商业秘密备案制度不仅可以强化我国的市场经济地位，还有利于解决目前商业秘密管理混乱、取证难、维权难的问题。但是原发性地构建商业秘密备案制度，则面临着秘密信息绝对保密与备案相对公开之间的冲突。从性质上讲，商业秘密备案接近于依申请行政行为，在形式上属于准行政登记，在实体层面同质于行政备案。在备案主体方面，工业和信息化部软件与集成电路促进中心（CSIP）能够保证备案机构的较高公信力并具有较高的运作效率和专业技术能力及管理优势，适合作为我国的商业秘密备案主体；在备案方式方面，电子备案制度因具有程序阶段集合化、时空范围无限制、经济成本低廉等优点，优于传统的纸质备案；在备案措施方面，应该采用具有非物化性的“两把钥匙制度”，有效平衡秘密信息绝对保密与备案相对公开之间的冲突。