学校的正当化面临两个最根本的困境，即专门学校是否剥夺了未成年人的受教育权，是否限制了未成年人的人身自由。深层次来讲，这涉及受教育权的本质与目的、个人责任与惩罚等问题，国家何时可以通过对特定个体实施隔离教育来实现社会共同善。为专门学校设置分级制度，或者统一某种生源及办学标准，加入保护处分的少年司法理念，否则专门学校的正当性困境将难以破解。在未成年人出生到18周岁期间，社会有义务提供一个平等、宽容、尊重的空间，以促使未成年人自由而全面地发展。