“一国两制”下的特别行政区制度，就是要解决“一国”与“一国”下的地方制度的关系问题。它的逻辑体系是：第一，行政区划是“一国”的基本制度，中央掌握行政区划的权力，特别行政区是中央行使行政区划权力的产物，从而确立“一国”领土完整性，特别行政区是国家的一部分；第二，落实“两制”的要求，构建特别行政区的基本制度。但是，特别行政区的高度自治、“澳人治澳”、保留原有的制度，均不能与“一国”原则抵触。