政治体系的核心是既要解决好权力的纵向关系，即中央与特别行政区权力平衡，也要解决好权力的横向关系，即行政与立法、司法权力平衡，以及各阶层均衡参与、利益平衡。它的逻辑体系是：政治体制既要体现“一国”的原则，也要反映“两制”的要求。它强调的是两个基本点，不是一个基本点。“一国”原则作为基本点，意味着：在“一国”之下特别行政区的政治体制是地方性自治的政治体制，不能与国家主权的政治体制平行，它们之间是一种从属关系。核心问题是要正确体现中央与特别行政区的权力关系。“两制”原则的逻辑要求，一方面，特别行政区的政治体制与内地人民代表大会制不同，建立了行政主导为特征的政治体制。另一方面，要正确体现行政、立法和司法的权力关系，即互相分工、互相制约和互相配合。