本报告从股东和机构持股比例、所有者与管理层是否同一主体、独立董事人数维度分析中关村新三板企业公司治理能力，并与创业板上市公司进行了相关对比。数据表明，中关村新三板创新层与基础层企业间公司治理结构存在异质性；中关村新三板企业和创业板上市公司在公司治理方面各有优劣。整体来看，和创业板相比，中关村新三板企业在股权集中度、机构持股比例等方面的治理具有一定程度的优势，但在董事长和总经理是否为同一主体、公司独立董事人数等的治理有待提高。中关村新三板企业公司治理结构现状与我国资本结构市场环境大背景与企业自身发展现状相关。