社会治理制度创新是社会治理创新的框架基础和运行空间。由基层社会治理制度创新的实践考察可知，客观环境的因应性、群众需求的回应性、乡村精英的参与和上级政府的态度与授权等变量在互动中构筑了基层社会治理制度创新的动力机制，由此形成社会治理创新系统的重要影响因素。面对自上而下制度创新的有效性、正式制度与非正式制度的相容性和社会治理法律体系的滞后性等制度创新困境，应立足基层社会和文化基础，探索正式制度和非正式制度相互支撑、相互补充的社会治理制度创新体系。