健康档案系统记录居民的疾病信息和健康状况，不仅是推进公共卫生体制改革的基础平台，也是健全社区卫生服务体系的重要依据。为社区常住人口建立统一规范的健康档案是国家基本公共卫生服务项目的明确要求。在基本公共卫生服务普及和均等化的过程中，流动人口建档工作不容忽视。本文利用国家卫生计生委2013年的流动人口动态监测调查数据，考察当前流动人口健康档案的建档状况，探讨建档状况的主要成因，并提出相关的政策建议。