江苏大运河文化带建设提出了“三个长廊”的目标，目前，大运河江苏段沿线生态环境质量明显改善，水质提升明显，大运河江苏段环境治理在取得一定成绩的同时，依然存在一些明显的问题，主要表现在干流污染负荷重，控制难度较大；支流区域水质达标率低，治理难度大；岸线资源开发利用情况不平衡，管理保护尚未形成合力。针对一系列环境治理上的问题，大运河江苏段沿线环境治理应秉持六大重点：一是强化生态空间的管控，二是着力建设绿色生态廊道，三是修复自然生态系统，四是强调流域水污染治理，五是提升生态风险应对能力，六是强化治理能力与方法现代化。相关对策措施包括：革新沿线种植方式与周边自然生态系统有机结合；重视滨水生态景观设计，系统规划沿河生态空间；改善河岸环境，塑造亲水空间；严格落实河长制，有效保障大运河生态环境；推进大运河沿线山水林田湖草一体化保护修复；严格限制环境排放，建立大运河生态环境预警机制；制定“一湖一策”保护方案，推进重点区域生态修复；加快推进大运河区域环境治理现代化建设。