2015年4月21日，福建自贸区正式挂牌成立，致力于立足海峡两岸，充分借助福建对台优势，把自贸试验区建设成深化两岸经济合作的示范区和改革创新的试验田，创新闽台两岸合作新机制，打造面向21世纪海上丝绸之路沿线国家和地区开放合作的新高地。对于身处经济结构转型重要期的福建省和台湾地区来说，福建自贸区的建立为闽台高科技产业深度合作提供了发展机遇，因此通过分析当前内外部因素对闽台高科技产业合作的影响，探讨闽台高科技产业合作系统内部运行方式，针对性地创新协同合作模式和协同合作机制，具有重大意义。