在我国应急预案体系中，基层防疫应急预案处于先期应急处置的功能定位，对疫情防控工作至关重要。但在实际运行中，基层防疫应急预案存在先期处置无力、预警机制异化、法治保障不足等制度障碍，透射出的实际上是我国疫情防控应急管理的模式选择问题。为正视社会公众疫情防控需求，提高疫情防控应对效率，辅助上级疫情防控工作，我国疫情防控应当由自上而下的中心主导模式逐渐转变为上下联动的多元治理模式。本文据此提出了加强基层应急预案先期处置功能、重塑基层疫情防控预警机制、供给基层防疫应急预案法治资源等基层防疫应急预案的功能修复路径。