申请人的城市垃圾处理PPP项目通过公开招标方式选择运营商。在项目的投标阶段，申请人的招标文件中关于垃圾处理付费的标准和计算，与常见的招标文件有所不同，但被申请人对此并没有提出异议，也没有要求澄清。在合同签订后，双方在履行过程中，对于垃圾处理费的付费采取了模糊态度，即被申请人按照自己的理解申请付费，申请人没有认真核对，即行付费。双方也以不正式的方式对合同的付费标准和计算进行了更改，虽与合同约定不一致，但双方继续履行且没有出现纠纷。在某市审计局进行审计时发现，双方没有按照合同约定履行合同，有违法行为，要求纠正，双方由此产生纠纷。双方的纠纷主要表现为两个方面。一是在程序上，双方先通过专家委员会解决，但双方对专家的组成、专家的建议、专家建议的性质认识不一致。在仲裁问题上，双方约定的部分条款含义不清，互相矛盾。二是在实体问题上，双方对招标文件、合同付费计算标准的理解不一致；双方在合同约定与行业标准发生矛盾的解释上也存在重大分歧；在履行中，对合同变更的有效性也存在较大分歧。