主体功能区建设体现了科学发展观，成为当前区域经济社会发展规划的主要方向。主体功能区建设引起了生态补偿问题的探讨。这种生态补偿不同于流域跨区域生态补偿，它是特定行政区划内的生态补偿，具有自己的特征。国内关于主体功能区生态补偿实践缺乏统一标准，也没有相对成熟的经验。本文以增城主体功能区生态补偿实践为例，探讨了主体功能区生态补偿内容及机制等问题。