城乡环境治理过程中出现的难题有很多，在诸多难题中，城乡之间的环境利益冲突是最重要也是最严峻的问题，因此，本文选择从环境利益冲突角度谈论城乡环境综合治理难题。

“冲突”是指“矛盾表面化，发生激烈争斗”“互相矛盾，不协调”，是事物发展演进过程中一种不正常、不和谐的状态。城乡环境利益冲突是指在现代化发展过程中，城市与农村在环境利益方面出现的分配不协调的现象，是城乡生态环境发展中的一种非正常状态，是城乡冲突的一种表现形式。城市和农村是相对应的两个不同的利益主体。由于城市凭借得天独厚的优势而占有大量的利益资源，而城乡二元结构使农村处于弱势地位，两者在利益关系的天平上失去了平衡。城乡环境系统是一个以人为中心的“生态—经济—社会”复合生态系统，城乡环境利益失去协调将改变城乡生态系统原有的地域结构，使城乡生态系统整体发生不利于生物和人类生存的量变和质变，导致城乡生态系统的功能发生变化、产生障碍，系统稳定性下降，难以达到良性循环，也加大了城乡环境综合治理的难度。