首先，本文从理论上分析了科技评价中权重的本质。从哲学角度看，权重的本质是遵循自然规律和发挥主观能动性的体现。从指标属性角度看，权重的本质是属性之间的转换与替代系数。从利益相关者角度看，权重的本质是管理者、评价机构、领域专家、公众等利益相关者博弈的均衡结果。从管理的角度看，权重的本质是管理目标和改进路径的定量体现。其次，针对加权TOPSIS评价方法不具有权重单调性问题，采用分子加权进行了修正。再次，首次提出自然权重问题，即均值较大的指标在评价中往往具有更重要的作用，它会造成评价实际权重的严重扭曲，并影响评价结果。最后，对自然权重对线性评价与非线性评价的影响分别进行了深度分析。