2016年9月29日，中国（上海）自贸试验区成立三周年。国家在总体方案中明确，希望通过自贸区的改革试验，为我国未来扩大开放和深化改革探索新思路和新途径，更好地为全国服务。经过三年的国家创新试验，我国自贸试验区从1个扩充到11个，自贸区建设进入了新阶段。我们不仅有必要总结已有的成熟经验，还应当对新阶段海关制度创新的改革路径进行思考，这样才能做到有的放矢、有所作为。本文首先简要回顾了三年来自贸区海关在制度创新上取得的成绩，尤其是形成了一系列可复制推广的改革经验；然后分析了自贸区新时期海关制度创新面临的新问题；最后对未来海关制度创新路径提出了相关建议和展望。