恐怖主义使印尼的国家安全面临持续性挑战。新冠肺炎疫情期间，印尼恐怖组织在网络上更为活跃。恐怖分子跨境流动性增强，警察是恐怖袭击重点目标，“独狼”和“家庭式”暴恐活动成为主流，女性涉恐现象增加。“伊斯兰国”的衰亡可能使印尼恐怖主义意识形态趋于多元化。东盟已构建起一系列反恐机制并不断取得合作成效。东盟反恐合作一定程度上受制于各国对恐怖主义威胁的认知差异，“东盟方式”合作原则及具体制度安排欠完善等因素。