新冠肺炎疫情突袭而至后，杜特尔特政府反应迅速，措施果断，但受制于医疗卫生水平，加上卫生部门出现腐败丑闻等，菲律宾出现经济下滑、就业形势恶化、财政负担加重等状况。但抗疫成效有限并没有导致杜特尔特政府的支持率下滑。杜特尔特也平息了其执政联盟内部就众议长职位的矛盾风波，维持了政局稳定。杜特尔特领导的执政联盟的政治地位依旧牢固。在地方层面，“邦萨摩洛”穆斯林自治区政府颁布了未来发展蓝图，积极招商引资，改善营商环境，改善社区公共服务水平，发展基层政治，但受疫情影响，自治区民主政治建设工作被迫延后。