菲律宾南部和平进程面临多重危机，中央政府与自治区当局协同开展多层治理，构成2020年菲律宾南部安全局势的主题。在菲律宾总统杜特尔特与棉兰老“邦萨摩洛”穆斯林自治区当局基于共识的领导下，新兴政治实体在过渡阶段展现出坚韧的特性，并在开发建设、和平维护、疫情防控、立法推进、军人退役等关键事项上取得进展。但与此同时，反政府武装、暴力极端主义、跨境有组织犯罪等势力在新冠肺炎疫情与自然灾害叠加的背景下，裹挟部族冲突、土地纠纷而甚嚣尘上，牵动南部安全大局。对此，菲律宾政府和自治区当局协同开展了以政治安全、社会安全和经济安全为主要领域，以南部区域、跨境区域、次区域为主要层次，并依托全球伙伴关系的多层次安全治理，在取得一定成效的同时，也使跨境区域合作呈现“从发展到安全”的转变。未来，南部安全还将面临《2020年反恐怖主义法》出台、领导人更迭、族际权力变化等不确定因素的挑战。