菲律宾是世界上受恐怖主义影响最深和恐怖主义威胁最严重的国家之一。菲律宾的恐怖主义脱胎于菲律宾穆斯林的分离主义，进入21世纪后则向宗教极端主义靠拢，对其国家安全与经济社会发展产生了深刻的影响。近年来，菲律宾恐怖主义发展呈现许多新的变化和特点，特别是2020年新冠肺炎疫情的突袭而至给菲律宾恐怖主义带来了双重影响。一方面，防控措施有利于压制恐怖袭击活动，促进相关和解与和平进程；另一方面，集中防疫减弱反恐力量与能力，疫情下经济社会矛盾深化可能进一步厚植恐怖主义生存与发展土壤。杜特尔特政府综合采取立法、行政、军事、经济、社会等手段应对恐怖主义，取得了一定效果，但也存在许多问题。菲律宾的反恐形势仍不乐观，反恐事业依然任重道远。