1987年8月5日 通过第9颗返回式卫星，首次搭载水稻、辣椒等植物种子，成功进行航天搭载空间诱变实验。

1988年 国家高技术研究发展计划开设专门课题“空间条件下植物突变类型研究”，探讨空间环境诱导突变的可能及应用前景。

1991年 航空航天工业部刘纪原副部长提出以航天育种、卫星减灾系统、空间技术和空间应用为主要工作内容的航天效益工程。

1994年 中国航天工业总公司委派下属单位组成调研组对全国参与开展航天育种试验的单位进行了实地调查，形成了农业和生物领域专家所给予肯定的评审意见。

1996年 第一次全国航天育种技术交流研讨会在北京召开。与会院士专家联名向中央建议将航天育种工程列入国家“九五”计划，并建议发射一颗完全用于农业育种的返回式卫星。会议向国务院发出“关于创建航天育种工程的建议”，相继得到时任总理李鹏和副总理朱镕基的重视和批复。

同年，农业部正式将“作物空间诱变育种”列入“九五”部级重点课题。中国航天工业总公司设立了航天育种研究中心开展和协调与航天育种领域相关的工作。

1998年 第二次全国航天育种技术交流研究会在广州举行，会议制定了《农作物空间诱变育种规范》，初步形成了航天育种实验标准。

2002年 科技部“十五”863计划首次将农作物航天育种技术正式立项，为航天育种技术的发展奠定了基础，使得我国航天育种技术实现了跨越式发展。在航天育种领域取得的一系列开创性的研究成果，受到世界著名的《自然》和《科学》杂志的专题报道，并在美国休斯敦举办的第三次世界空间大会参展，吸引了世界科学家的关注。

同年，第三次全国航天育种技术交流研讨会在宁波举行。会议期间，展示了航天育种优良品种示范材料。

2005年 福建省农业科学院水稻研究所谢华安院士通过航天育种技术育成了超级再生稻“II优航1号”等3个航天超级稻。

2006年9月9日15时 在国务院及多个部委的联合支持下，历经10年的努力，我国第一颗，也是世界上迄今为止唯一一颗专门用于航天育种的卫星“种子星”——“实践八号”成功发射，标志着航天育种从零星搭载到探索性试验，再到研究和技术应用的质的飞跃。搭载208.8公斤种子，在轨运行15天，圆满完成飞行任务。在15～26℃的条件下，搭载了9大类152个品种（植物133种、微生物16种、动物3种），共2020份材料，用于空间环境下的诱变飞行试验。

2007年 科技部“十一五”863计划继续对航天搭载空间诱变研发进行支持，进一步突出了航天诱变技术创新与突破性品种的培育目标。

2008年 依托国家航天育种工程的“空间环境农业应用关键技术研究与示范课题”被列入国家“十一五”科技支撑计划，在较大范围内组织全国优势力量，全面开展农作物航天育种。

同年，“中国空间育种与粮食安全”高层论坛在深圳举行，提出航天育种是解决国家粮食需求问题的一种重要的育种方式。

2010年 戚发轫、谢华安、吴明珠等6位院士向国务院建议促进航天育种产业化发展，受到时任国务院副总理李克强的批复。10年间，华南农业大学通过航天诱变直接育成12个优质高产多抗的水稻新品种，15次通过国家和省级品种审定，在华南累计推广1000多万亩。

2011年 “航天育种”被国务院列入《“十二五”国家战略性新兴产业发展规划》，国家发改委发出《关于推进航天工程育种技术及产业发展有关问题的通知》。

2012年 科技部“十二五”863计划对航天育种技术进行立项，国家加强利用航天诱变育种技术培育水稻、小麦等作物新品种。

2014年 中国和俄罗斯开展航天工程育种双边科技合作项目，深入推进航天育种技术领域内的国际合作。

2015年 空间诱变育种被列为“十三五”国家重点研发计划，“七大农作物育种”试点专项立项。

2016年 “973”计划、“863”计划相继开展“空间诱变机理研究和育种技术研究”重大专项课题。

2018年12月 由14家发起人单位成立的航天育种产业创新联盟在北京召开第一次联盟大会和航天育种2018论坛。联盟汇聚航天育种科技创新资源，构建起航天育种科学研究、品种选育、产品研发、成果推广的共享平台，形成航天育种领域科技创新服务的示范辐射中心。

2020年5月 发射的新一代载人飞船试验船搭载了70个生物载荷类科学实验项目近千件（份）样本，穿越范艾伦辐射带接受的空间总辐射剂量等空间环境与以往的返回式卫星、神舟飞船和天宫空间实验室的空间诱变环境显著不同。

2020年11月 以“航天育种助力未来农业发展与生态环境建设”为主题的航天育种2020论坛在广州举行。与会专家学者肯定了航天育种在国家农业生产、种业翻身仗和种源创新中的作用，对在未来中国空间站上进一步开展航天育种科学研究和实验寄予厚望。

同年11月，“嫦娥五号”月球探测器搭载国内科研单位的实验材料飞向月球。月球轨道的辐射水平和38万公里飞行距离成为深空空间诱变实验和航天育种研究的独特资源。

2021年9月 神舟十二号载人飞船返回舱搭载了近50家科研机构和高校企业的250余类实验材料在轨飞行92天后成功返回。在中国空间站关键技术验证阶段历次飞行任务中，均安排了航天育种实验项目。