植物新品种权是种业发展的重要资源，加强植物新品种司法保护对推动种业创新、保障粮食安全意义重大。南京市中级人民法院通过打造专业审判队伍、建立多元化查明机制、探索新型案件审理、实行最严格司法保护，有效平衡了育种者权利与社会公共利益。植物新品种司法保护存在取证与证据认定困难、侵权赔偿精细化不足、部分案件维权周期长、全链条保护体系有待强化等问题。完善植物新品种司法保护，今后应以激励种业创新为导向，推动种源自主创新，完善执法体系建设，强化司法保障职能，推动行政执法和司法保护有效衔接，从而构建全链条协同保护格局，促进种业健康发展。