俄罗斯帝国军队入侵“成片的定居生活区域”和随后获得西突厥斯坦之后，面临的首要任务之一是要调整好它的行政、政治秩序。帝国南部地区殖民地管理穆斯林的主要行政单位是在1867年建立的突厥斯坦总督管辖区。其余地区构成了保护国制度——布哈拉埃米尔、希瓦汗国和浩罕汗国。它们是帝国的附庸，只有很有限的自治权利。中亚伊斯兰社会面临一种新的政治条件，一定会做出相应的反应：一方面是普通穆斯林反对俄罗斯帝国的殖民统治，1898年安集延起义；另一方面是宗教界人士思考如何被迫同帝国殖民当局共处，以及伊斯兰社会的未来前景，例如扎吉德运动。