构建创新共同体是近年来区域协同创新的重要模式，对于破解原创性、基础性重大科技难题具有重要意义。大湾区综合性国家科学中心先行启动区跨越两个城市，松山湖科学城与光明科学城构建创新共同体有利于大湾区综合性国家科学中心更好履行国家赋予的重大创新使命。研究发现，松山湖科学城与光明科学城具有构建创新共同体的初步基础，但也存在尚未形成常态化的沟通机制、顶层规划衔接不够紧密、政策支持存在较大差距、交通连接不便捷等现实困境。为构建起大湾区综合性国家科学中心创新共同体，松山湖科学城与光明科学城应构建常态化沟通交流机制、争取上级赋予两地同等的政策支持、推动共建具有全球影响力的科创高地、推动两地公共服务配套资源共建共享、加快打造高效快捷的联通体系、提供低成本落地空间。