本章在科技创新理论和内生经济增长理论的基础上，构建异质性科技创新影响全要素生产率的理论分析框架，阐明基础研究与应用研究影响全要素生产率的内在机理及政府支持和市场化程度在其中的作用机制。具体而言，首先从异质性科技创新定义出发，分析了基础研究、应用研究以及二者双向溢出效应如何影响全要素生产率，然后探讨了政府支持和市场化程度在不同科技创新活动与全要素生产率中的作用机制。在上述理论分析的基础上，对传统的R&D内生经济增长模型进行扩展，将模型假定中外生的知识库内生化为基础研究部门的输出，构建了一个同时包含基础研究和应用研究以及二者双向溢出效应在内的R&D内生经济增长模型，从而更好地刻画异质性科技创新对全要素生产率的影响。