当前，尽管粤港澳大湾区在规则机制融合方面已取得一定成果，有效提升了区域内市场要素的流动性和创新合作的效率，但粤港澳大湾区在市场整合过程中面临两大挑战：一是内部物流通关方面面临挑战；二是要素跨境流动障碍和内部定位重叠的挑战。对此，本报告提出以下对策建议：首先，从局部到整体，整合内部通关规则；其次，借鉴国际经验，对现有CEPA协议进行整合与升级；最后，明确科技创新产业的分工与利益分配，进一步化解要素跨境流动的堵点。