新结构经济学是以马克思主义为指导，运用现代经济学理性选择的研究方法，以一个经济体在每个时点给定、随着时间可变的要素禀赋及其结构作为出发点，从结构内生、扭曲内生和运行内生三个基本点研究经济体发展、转型与运行的决定因素和影响的一门学科。新结构经济学把不同发展程度国家的结构的内生异质性引入以发达国家的结构为暗含结构的主流新古典经济学理论中，会在现代经济学的各个子领域中掀起一场结构革命，对发展、转型和经济运行的诸多现象有不同于主流的新古典经济学理论的见解。第一，发展的问题在新结构经济学的理论体系中是如何从生产力水平低的经济系统升级到生产力水平高的经济系统，符合其要素禀赋结构所内生决定的包括产业和产业所用技术的生产结构、生产关系、基础设施结构和上层制度结构的经济体系，而不是如主流的结构主义发展经济学理论所认为的那样，一个发展中国家要发展就必须采用发达国家的生产结构。第二，转型的问题在新结构经济学的理论体系中则是从实然的结构转型到其要素禀赋结构所内生决定的应然结构，而不是如主流新自由主义和新制度经济学所认为的那样，转型到发达国家的相应生产关系和制度结构。第三，在经济运行的规律上，主流经济学一般把总结于发达国家的理论也认为适用于发展中国家，新结构经济学则认为由于不同发展程度的国家有内生的异质结构，其经济运行的规律既有共性也有特殊性。