在全球科技格局重构背景下，北京开放创新生态系统建设具有战略意义。本研究提出包含多元主体共生与协同、资源流动与动态配置、治理与制度保障、动态反馈与自适应的四大核心要素的运行机制分析框架。研究发现，北京开放创新生态系统运行机制具有创新主体高度集聚、要素流动日益活跃、制度环境持续优化、动态评估机制初步建立等优势。但存在协同短期化、要素配置失衡、“虹吸效应”、政策响应需提升等问题。优化路径包括：建立契约型创新共同体，推动京津冀协同；建设要素交易市场，实施差异化配置；推进科技立法，完善知识产权与成果转化机制；构建创新质量与韧性监测体系，提升政策响应速度。