自由贸易试验区与粤港澳重大合作平台同为国家战略，并且香港、澳门为自由港，通过联动有利于自由贸易试验区建设，部分规则衔接与机制对接案例也能够通过自贸试验区复制推广。但存在联动机制缺失、制度创新不足、与自由港缺乏联动以及服务业开放和科技创新联动困难等问题。本报告最后提出了构建制度创新联动机制的策略，涵盖完善广东自由贸易试验区与粤港澳重大合作平台的联动机制、以“园区+公司制”构建产业落地机制、破除三地之间产业发展要素自由流动障碍、深化自贸试验区和自由贸易港的机制与模式创新以及依照CEPA协议推动高端服务业开放等方面，以期实现广东自由贸易试验区与粤港澳重大合作平台的深度融合和双向赋能，推动区域高质量发展。