本研究以自贸试验区提升战略为背景，以制度创新的差异化路径探索为切入点，从国家战略、技术赋能、制度特质等方面分析自贸试验区制度创新差异化探索的宏观环境，从而进一步分析制度创新差异化路径探索的制度基础和实现路径。研究发现，沿海自贸试验区的探索以实现全球资源配置创新为重点，沿边自贸试验区以推动跨境合作寻求制度创新的突破口，内陆自贸试验区以推动产业转型升级为主要任务。中央授权与地方探索的动态调适、政策导向与市场需求的匹配、多元主体参与共同构成了制度创新差异化路径探索的重要路径。但制度创新差异化路径的探索面临制度适配、风险防控、区域协同等方面挑战。因此，本研究提出深化差异化制度创新的保障体系，包括顶层设计保障、区域协同支撑、能力体系建设，以实现制度创新的复制推广与差异化发展的有机统一。