医疗卫生资源配置研究是响应“健康中国”战略理论与实践需求的关键议题，也是上海作为国家医改“先行者”履行特殊使命的重要支撑。本文以效率与公平协同为框架，基于投入—产出理论构建指标体系，综合运用基尼系数、泰尔指数、数据包络分析法（DEA）及Mann-Kendall检验，对上海市医疗卫生资源配置进行多层次实证分析。结果表明：一是公平性呈现双重悖论——按人口分布的基尼系数处于合理区间，但按地理分布的基尼系数持续处于“危险状态”，且呈现“人口公平性弱化、地理公平性改善”的分化趋势；二是效率受制于产出转化瓶颈，DEA分析显示大部分年份有效，但存在卫生机构冗余与诊疗服务产出不足并存现象，投入年均增速显著高于产出指标增速。基于此，本文提出优化路径：公平性上建立“人口密度+地理可达性”双维配置标准，通过人才流动机制强化卫生技术人员向郊区辐射；效率上推动规模扩张向技术驱动转型，建立产出导向的资源配置评估体系。研究成果可为上海市新一轮区域卫生规划提供量化依据，也为超大城市医疗卫生资源协同治理提供“效率—公平”统筹的实践范式。