物理、事理和人理是系统实践中需要综合考察的三个方面，懂物理、明事理、通人理是物理—事理—人理系统方法论的实践准则。物理—事理—人理系统方法论将科学技术知识、社会科学知识、决策者及系统内有关人员以计算机和专家为媒介有机地结合起来，实现了系统科学的总体分析、总体规划、总体设计和总体协调。该方法论的原创性在于，它没有简单地沿用或批判西方理论，而是在汲取中国传统哲学智慧的基础上，对它们进行了创造性的整合与超越。它明确将人理提升到与物理、事理同等重要的高度，有效弥合了硬系统方法论重技术、轻人文，与软系统方法论重主观、轻客观的二元对立。这种哲学思想，为世界系统科学理论体系贡献了独特的中国智慧和中国方案。此外，该方法论还为解决“复杂性问题”提供了更为完备的元理论框架，推动了评价科学理论的发展与完善，激发了对不同文化背景下方法论普适性与特殊性的深刻反思。