本文立足创新价值链理论，将创新活动划分为“技术研发—成果转化”两个连续阶段，采用随机前沿分析方法（SFA），基于2011～2023年成渝地区双城经济圈16个城市的面板数据，从时间、结构与空间三个维度系统评估区域创新效率的演变特征，并进一步讨论其协同发展路径。结果如下。第一，成渝地区双城经济圈创新效率整体持续提升，创新体系建设成效显著，但两阶段提升幅度不均衡，研发效率普遍高于转化效率，创新成果从知识积累到市场转化的传导机制仍需完善。第二，成渝地区双城经济圈内部城市创新效率结构分化明显，成都、重庆在研发、转化两端均表现突出，构成区域创新双核；多数城市属于“成果导向型”，以产业配套与外部技术引进为主要路径，形成“以用促创”的创新模式；部分城市在研发与转化环节均处于低位，存在结构性短板。第三，空间格局呈现“研发分散、转化集聚”的特征，研发能力在城市间分布离散，空间协同性较弱，而成果转化效率显著增强，体现出区域间成果扩散与联动效应的强化。据此，提出以要素流通激发内生动力、以平台共享筑牢创新基底、以政策协同破除制度壁垒的创新协同发展路径。