珠澳两地法律差异，即内地与澳门的区际法律差异，包括犯罪构成、罪名设置、刑罚规定等刑事实体法方面的差异，以及职权分工、强制措施、证据规则等刑事程序法方面的差异，对珠澳侦查协助造成负面影响。对此，珠澳侦查协助应加强立案准确分流、侦查流程适配、取证互联优化这三大关键点，寻求兼容性最佳的协议模式，在“一国两制”背景下，遵循“平等协商、效率为先”的原则，把握从“个案”到“类案”的运行节奏，稳步推进协议，以实现珠澳侦查协助的全面规范化。