文章通过构建创新投入产出指标体系，运用创新产出和创新效率两个因素表征区域创新绩效，并对区域创新效率、区域创新绩效的区域差异和空间分布进行了分析，结果发现：创新产出的区域差异>创新绩效的区域差异>创新效率的区域差异。另外，创新绩效高值区域和T字形理论的国土开发和经济发展的优先区域高度吻合。通过回归建模分析，探讨了区域创新基础、产业集群的创新环境、产学研联系的质量、政府支持、技术溢出效应等因子对于区域创新绩效的影响，发现区域的创新绩效受区域创新基础的影响最大，受政府支撑和产业集群的创新环境的影响次之，而产学研联系的质量影响较小，国际溢出效应对区域创新绩效的影响存在一定的两面性。