进入21世纪以后，农村农业环境形势的发展变化在国家领导层面引起高度重视，加强农村农业环境保护、推进农村环境综合整治被党中央、国务院作为解决“三农”问题和统筹城乡发展的一个重要方面反复强调、多次部署。2007年11月20日，国务院办公厅转发了环保总局等部门颁布的《关于加强农村环境保护工作意见》；2008年7月24日，国家首次召开了全国农村环境保护工作电视电话会议；2010年，中央1号文件提出“实行以奖促治政策，稳步推进农村环境综合整治”；2011年10月17日，国务院发布了《国务院关于加强环境保护重点工作的意见》，要求集中整治存在突出环境问题的村庄和集镇，重点治理农村土地和饮用水源地污染；2012年，中央1号文件再次明确提出：“搞好生态建设……把农村环境整治作为环保工作的重点，完善以奖促治政策，逐步推行城乡同治。推进农业清洁生产，引导农民合理使用化肥农药，加强农村沼气工程和小水电代燃料生态保护工程建设，加快农业面源污染治理和农村污水、垃圾处理，改善农村人居环境。”另外，各级地方政府、相关企业、农民群众在长期实践中已经对农村农业环境保护工作进行了有益的探索，积累了丰富的经验，国家的决策和地方的实践共同推动我国农村农业环境保护工作进入了一个新的历史发展机遇期。