任何改革都会有代价，拉美高等教育的多样化改革也不例外。因为教育资源是有限的，过分重视高等教育的发展就会相对忽视基础教育。拉美的教育赤字很严重。一般而言，尽管大多数拉美国家的初等学校有较高的入学率，但它们的中等学校的入学率严重不足。许多拉美国家实行的是“非平衡” （unbalanced） 式教育转型，即在没有足够的高中毕业生的情况下，对大学进行不成比例的投资。因此，优先发展中小学教育还是优先发展高等教育，如何处理中初等教育和高等教育之间的关系，如何更加有效地开发适应新型经济和社会发展的人力资本，是拉美各国进入21世纪面临的一个严峻挑战。