流域既是特殊的自然地理区域，又是区域经济社会发展的重要单元。流域水资源具有开放性、流动性、多功能性和可重复利用性等自然特性，流域上下游行政区际围绕水资源综合开发、水资源分配、生态受益补偿和跨界水污染等形成了复杂的利益关系。流域政府作为兼有公利性和自利性的组织，一方面扮演区域公共利益的代表，尽可能地促进流域水资源的综合开发，推动区域经济社会的发展；另一方面它又遵从中央政府制定的流域主体功能区划的要求，保护流域生态环境。因此，在坚持流域水资源统一管理的基础上，中央政府不仅要明晰流域治理中各个层级地方政府的责权利，而且要加快建立流域区际政府间的生态利益协调机制，这是推进流域治理机制由科层机制向网络机制转变的题中应有之义。