在多层治理框架下，各级地方政府是辖区范围内流域生态环境资源的管护者，是流域生态建设和环境治理的重要责任主体，但不是唯一主体。基于流域生态资源的区域性、公共性、开放性等自然、经济和社会属性，流域生态治理应由传统的单一政府治理主体向政府、企业、公众等多元治理主体转变，实现多元主体间的伙伴治理。所谓“伙伴关系是在两个或多个公共、私人或非政府组织之间相互达成共识的一种约定，以实现共同决定的目标，或完成一项共同决定的活动，从而有利于环境和社会”。10796099政府、企业和公众在流域生态环境治理中扮演着不同的角色，政府通过制定政策、法规，建立激励机制等影响企业和公众的环境行为；企业是流域生态资源的利用者，环境污染的主要制造者，同时也是承担着环境治理责任的主体；公众作为流域生态环境污染的制造者和受害者，除了自己的环境行为受到管理外，也可对政府和企业的生态环境破坏行为起到监督作用。可见政府与企业、公众之间不仅仅是竞争和对抗的关系，而且是合作和伙伴关系，三者的互动可共同推动流域水污染治理的发展。

在流域生态环境合作治理过程中，政府、企业和第三部门基于信任和合作所形成的伙伴关系主要包括：政府与企业之间、产业生态链上的关联企业之间、污水处理市场化中的公私企业之间，以及政府与第三部门之间等。由于主体性质不同、主体力量对比存在差异等原因，多元主体间伙伴治理的模式和机制各不相同，合作治理的效率也不相同，“对于伙伴关系并没有一个最佳的模式，伙伴关系的种类和参与的性质必须由所涉及的不同人群或团体来决定”。10796100因此，探索多元主体间伙伴治理的组织形式、运行机制等，就成为流域生态环境治理机制研究的重要内容。