城市内部二元结构的形成一方面是新时期城乡二元结构在城市的延伸，另一方面是企业转型和城市转型过程中形成的低收入阶层，这些城市低收入群体在经济条件与地位、社会保障、公共服务等方面与城市居民存在巨大差距，带来了社会阶层分化、城市贫困加剧和代际化、社会矛盾加剧、城市管理难度增加等问题，影响新型城镇化的推进速度。因此，破解城市内部二元结构要从构建合理的住房体系、保障农民土地收益权利、建立多元化农民工市民化成本分担机制、加快与户籍改革配套的基本公共服务建设等方面着手，降低城镇门槛，实现有质量、可持续的新型城镇化道路。