由于生态移民使得牧民向市民角色转换，因此，生态移民不仅仅是一个项目工程，它也是促进少数民族地区经济社会发展的民生工程，生态移民政策的实施促使草原部落社会主体结构、社会权利结构和社会关系结构发生巨大变化。通过生态移民也使得国家再一次嵌入牧区村落，它必将对这一地区的政治治理结构带来一定的影响。当下最关键的问题是如何保障生态移民的合法权益，以促进三江源区社会稳定。