政府在流域生态服务补偿中仍然起着重大的作用。在不存在完善的流域生态服务市场的时候，政府就担当着推动流域生态服务补偿的管理者和中介机构。不论是在水权交易模式或 “异地开发” 模式中，政府依然是主要的决策者。一个健康的流域需要政府的监督和管理。市场也很重要，它反映了流域生态保护和补偿成本之间的关系。