康熙初年，由杨光先掀起的“历狱”案得到平息，传教士们沉冤昭雪，奉旨归堂，而宫廷的传教士们则重新开始培养与新皇帝的感情。从南怀仁到利类思、安文思，再到后来的徐日昇、闵明我和安多，这些传教士各尽所能，为康熙皇帝鞍前马后，为的只有一个目的：为天主教在全中国的生根发芽谋求最大利益，即自由传教。然而，虽然能为康熙所用者来到北京宫廷，地方传教士也返回各堂，但是直至1687年南怀仁尽其最后之力争取传教自由时也未能成功：除了西洋人可崇奉天主耶稣之外，禁止华人入教。然而，1691年浙江反天主教事件却意外地扭转了整个局面。